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在东莞市望牛墩镇进行公司注册资本变更，需要遵循以下步骤：

1、准备相关材料：根据《中华人民共和国公司登记管理条例》及相关规定，准备以下文件：
公司法定代表人签署的变更登记申请书；
股东会或董事会关于变更注册资本的决议；
修改后的公司章程或章程修正案；
验资报告（如果增加注册资本）；
法定代表人的身份证明复印件；
公司营业执照正副本原件；
其他可能需要的文件，如税务部门出具的相关证明等。

2、提交申请：将上述准备好的材料提交给东莞市市场监督管理局（原工商局），具体可到望牛墩镇的市场监督管理分局办理。

3、审核与批准：市场监督管理局对提交的材料进行审核，审核通过后，会通知申请人领取新的营业执照。

4、公告：根据具体情况，可能需要在指定的媒体上发布公告，声明公司注册资本已变更。

5、后续事项：完成变更登记后，还需要到相关部门（如税务局、银行等）办理相应的变更手续，确保所有信息的一致性和合法性。

请注意，以上流程可能会因政策调整而有所变化，建议在实际操作前咨询当地市场监督管理部门或聘请专业的会计师事务所协助处理，以确保整个过程顺利进行。